El Comité Nacional Lechero está integrado por representantes de las asociaciones que integran FeNIL y por otros miembros elegidos por su vinculación con la producción, comercialización, ciencia, técnica, investigación y educación, así como con la fabricación de equipos lecheros.

Para su funcionamiento, cuenta con los siguientes órganos de gestión:

Asamblea General: representación soberana del CNL, donde participan todos sus miembros.

Consejo: administra el CNL y da una mayor flexibilidad, rapidez y eficacia a sus actuaciones.

Comisión Coordinadora: trata y evalúa los problemas técnicos, científicos y económicos del sector lácteo. Realiza un seguimiento de las actividades de la FIL.

La Secretaría: gestión ejecutiva y coordinadora del Comité. Mantiene el contacto directo con la FIL.

Además, el Comité Nacional Lechero cuenta con un equipo de colaboradores profesionales de la investigación, tanto pública como privada, de la Universidad, de la Administración, de la industria, etc., que trabajan de forma directa con los Comités Permanentes y con los Grupos de Estudio de la Federación Internacional de Lechería (FIL).

De esta forma, el CNL español está presente en los equipos de trabajo de la FIL y permite a técnicos e investigadores mantener un contacto directo y permanente con expertos en las mismas materias a nivel internacional.