La Federación Nacional de Industrias Lácteas está compuesta a su vez por cuatro Asociaciones. Es en dichas Asociaciones donde se integran directamente las industrias que conforman el Directorio de Empresas de FeNIL.

El órgano supremo de gobierno de la FeNIL es la Asamblea General y en ella participan las más de 80 empresas adheridas a la Federación a través de las cuatro Asociaciones Federadas.

Con el fin de agilizar el trabajo y la toma de decisiones, la Federación cuenta con otros órganos de gobierno:

Comisión Directiva: órgano ejecutivo permanente de gobierno, administración y dirección de FeNIL.

Dirección General: Encargada de la gestión operativa y ejecución de los acuerdos y asuntos de la Federación, dependiente directamente de la Comisión Directiva.

Comités, Comisiones y Grupos de Trabajo: equipos de profesionales que tratan y deliberan sobre temas de interés para todos los asociados, y velan por el correcto funcionamiento de la Federación.